Herbert Waldmann est Directeur à l'Institut Max-Planck de physiologie moléculaire et Professeur de biochimie à l'Université technique de Dortmund. Ses recherches portent sur la conception, la synthèse et l'évaluation biologique de nouveaux composés biologiquement actifs.

Il a étudié la chimie à l'Université de Mayence, où il a obtenu son doctorat sous la direction de Horst Kunz. Après un post-doctorat auprès de George Whitesides à l'Université Harvard et une habilitation à l'Université de Mayence, il a occupé un poste de professeur associé à Karlsruhe avant d'être nommé à Dortmund.

Le professeur Waldmann est largement reconnu pour le développement du concept de biologie orientée synthèse (BIOS) et du principe des produits pseudo-naturels (PNP), qui s'inspirent des structures des produits naturels pour guider la découverte de composés.

Il est lauréat du prix Otto-Bayer, de la médaille Max Bergmann, du prix Josef Rudinger de la Société européenne des peptides, de la médaille Hans-Herloff-Inhoffen, de la médaille Emil-Fischer, du Denkmünze Liebig, du prix Richard-Willstätter, du prix Otto Hahn, de la médaille Paul Karrer, du prix Yamada-Koga et du prix Nauta de l'EFMC pour la chimie médicinale et la biologie chimique. Il est membre de la Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina, Halle (Saale), et membre de la Royal Society of Chemistry. En 2014, il a reçu un doctorat honoris causa (Dr. h. c.) de l'Université de Leyde, aux Pays-Bas.